معارف قرآن مجموعه کتاب هایی است که در آن، حضرت استاد علامه مصباح یزدی رضوان الله علیه به دسته بندی موضوعی آیات قرآن کریم پرداخته اند که این مجموعه از جمله آثار ابتکاری و بدیع ایشان محسوب می شود.حضرت استاد در آغاز ضمن تأکید بر لزوم گنجاندن درس تفسیر در مجموعه دروس اصلى حوزه علمیه، و تقدیر از مرحوم علامه طباطبایى، در مقام پیشگام و پرچمدار تدریس و نگارش تفسیر در حوزه، ارائه یک دوره کامل تفسیر را به منزله متن درسى، نامیسر می شمارند و همچنین انتخاب بخش هایى از تفسیر قرآن را نیز ناکافى و غیرمفید مى دانند، و دستـه بنـدى موضوعى آیات را تنـها راه ممکن و مفیـد مى بـینند که این دسته بندى می باید با نظم منطقى و بیانى موجز و متناسب با کتاب درسى عرضه گردد.

در زمینه دسته بندى موضوعى آیات قرآن کریم نیز استاد طرحى بدیع و ابتکارى را پیشنهاد مى کنند که در قیاس با طرح هاى سابق که آیات را بر محور «عقاید، احکام و اخلاق» یا بر محور «انسان و ابعاد وجودى او» دسته بندى می کردند، امتیازات چشم گیرى دارد. در این طرح، موضوعات آیات مورد بحث، بر محور «اللّه» که هستى بخش همه کائنات است، دسته بندى شده، و با الهام از آیه شریفه أَنْزَلَ مِنَ السَّمَاءِ مَاءً فَسَالَتْ أَوْدِیَةٌ بِقَدَرِهَا...، بحث از نقطه معینى آغاز مى گردد و پس از تکمیل آن در هر مرحله، به ترتیب به مراحل پایین تر ـ که در طول یکدیگرند ـ مى رسد، و در نتیجه ارتباط منطقى میانِ هر مبحث با مبحث قبل برقرار مى شود. بر این اساس موضوعات مورد بحث در دروس تفسیر موضوعى حضرت استاد به ترتیب ذیل است:

1. خداشناسى: این بخش با بحث در زمینه شناخت خداوند آغاز مى شود و به بحث درباره کلیات و تفاصیل افعال الهى خاتمه می یابد.

2. جهان شناسى: خلقت جهان هستى، یکى از افعال الهى است و از این جهت مباحث این بخش با بخش قبلى ارتباط مى یابد، و به اینجا مى رسد که خلقت همه پدیده هاى جهان، مقدم بر خلقت «انسان» به منزله شریف ترین مخلوق خداوند بوده است.

3. انسان شناسى: در این بخش اثبات مى شود که انسان موجودى تک بعدى نبوده، زندگى او در دنیا مقدمه زندگى اخروى است، و او در این سیر نیازمند راه و طریق وصول به کمال و جاودانگى است.